現象が発生する箇所は、JavaScript等により動的に文字を表示している部分ではございませんか？

通常のスマートライセンス・プランでは、初期ロード（最初にページを表示した）時にサブセット化を行い、Webフォントを生成しますので、その後に読み込まれた文字については、Webフォントが適用されません。
一部の文字がWebフォントで表示されるのは、最初にサブセット化を行った際に同じ文字があり、既にWebフォント化されていた為と思われます。

【回避策】
１．スマートライセンスのAPIを利用する

Javascript API

再度サブセット化を実行できる「リロード」機能や、FONTPLUSのスクリプトの実行タイミングを変更できる「非同期モードの設定(async)と解除(start)」機能を使用していただくことで、現象を回避することができます。

２．ダミー文字を設定する　(動的に読み込まれる文字が想定できる場合のみ有効)
初期ロード完了後に読み込まれる文字を想定し、あらかじめindex.htmlのタグ内にダミーとして埋め込むことで、解析対象となりサブセット化されます。

例


<body>
<div style="display:none">ダミー文字0123456HOGEhoge</div>
</body>